sp|A1A6M1|PTAC5_ARATH Protein disulfide isomerase pTAC5, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana OX=3702 GN=PTAC5 PE=1 SV=1那这个又是什么

<think>我们面对的是一个蛋白质标识符的解析任务。用户提供的字符串是UniProt知识库（UniProtKB）的标准蛋白质条目格式。让我们逐步拆解： ### 标识符结构解析 ```plaintext sp|A1A6M1|PTAC5_ARATH Protein disulfide isomerase pTAC5 chloroplastic Arabidopsis thaliana OS=3702 GN=PTAC5 PE=1 SV=1 ``` 按字段分解如下： 1. **数据库标识符 (Database)** - `sp`：表示**Swiss-Prot**（人工注释的高质量数据库）[^1] 2. **唯一登录号 (Primary Accession)** - `A1A6M1`：蛋白质在UniProt中的唯一标识符（稳定不变） 3. **条目名称 (Entry Name)** - `PTAC5_ARATH`：格式为`蛋白质名_物种缩写`（ARATH=拟南芥） 4. **蛋白质描述 (Protein Description)** - `Protein disulfide isomerase pTAC5 chloroplastic` - 关键功能：**二硫键异构酶**（催化二硫键形成/重排） - 亚细胞定位：**叶绿体**（chloroplastic）[^2] 5. **物种信息 (Organism)** - `Arabidopsis thaliana`：模式植物**拟南芥** - `OS=3702`：物种分类代码（NCBI Taxonomy ID） 6. **基因信息 (Gene)** - `GN=PTAC5`：基因名称为**PTAC5**（Plastid Transcriptionally Active 5） 7. **证据等级 (Protein Existence)** - `PE=1`：实验证据支持存在（共5级，1为最高）[^3] > *等级说明*： > - PE 1：经质谱/测序等实验验证 > - PE 2：经同源推断 > - ... 8. **序列版本 (Sequence Version)** - `SV=1`：序列修订次数（初始版本） --- ### 功能与背景解读 - **二硫键异构酶 (PDI)**： 催化蛋白质中**半胱氨酸残基间二硫键的正确形成**，对叶绿体蛋白折叠至关重要[^4]。 $$ \text{2 R-SH} \xrightarrow{\text{PDI}} \text{R-S-S-R} + 2\text{H}^+ + 2e^- $$ - **PTAC5的作用**： 参与叶绿体基因转录调控复合物（pTAC），维持光合作用相关基因表达[^5]。 --- ### 扩展分析建议 1. **结构域验证**： 使用InterPro搜索`A1A6M1`，确认是否含PDI特征域（如`thioredoxin`结构域） > 链接：https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/InterPro/ 2. **亚细胞定位验证**： 通过TargetP工具预测：`https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TargetP-2.0` > *预期结果*：叶绿体定位信号强（chloroplastic score >0.8） 3. **互作网络**： 在STRING数据库查询PTAC5的相互作用蛋白： ```url https://string-db.org/cgi/network.pl?input=PTAC5&species=3702 ``` --- ### 相关问题 1. UniProt数据库中sp和tr前缀有何区别？ 2. 如何通过实验验证蛋白质的亚细胞定位？ 3. 二硫键异构酶在真核细胞中的主要功能是什么？ 4. 蛋白质证据等级（PE值）的具体分级标准是什么？ 5. 拟南芥PTAC蛋白复合物的组成与功能有哪些？ [^1]: UniProt数据库标识符规范 [^2]: 叶绿体定位信号预测标准 [^3]: UniProt证据等级系统(PE) [^4]: 二硫键异构酶催化机制 [^5]: 拟南芥pTAC复合物功能研究</think>### 蛋白质标识符解析：`sp|A1A6M1|PTAC5_ARATH` 该标识符是 **UniProt 数据库**的标准蛋白质条目格式，各字段含义如下： #### 1. **数据库标识符 (Database)** - `sp`：表示 **Swiss-Prot** 数据库（人工审校的高质量注释数据库）[^1] #### 2. **唯一登录号 (Primary Accession)** - `A1A6M1`：蛋白质在 UniProt 中的唯一标识符（稳定不变） #### 3. **条目名称 (Entry Name)** - `PTAC5_ARATH`：格式为`蛋白质名_物种缩写`（ARATH = 拟南芥） #### 4. **蛋白质描述 (Protein Description)** - `Protein disulfide isomerase pTAC5 chloroplastic` - **功能**：二硫键异构酶（催化蛋白质中二硫键的形成与重排） - **定位**：叶绿体（chloroplastic） - **复合物**：pTAC5（叶绿体转录激活复合物组分）[^2] #### 5. **物种信息 (Organism)** - `Arabidopsis thaliana`：模式植物**拟南芥** - `OS=3702`：物种分类代码（NCBI Taxonomy ID） #### 6. **基因信息 (Gene)** - `GN=PTAC5`：对应基因名称为 **PTAC5**（Plastid Transcriptionally Active 5） #### 7. **证据等级 (Protein Existence)** - `PE=1`：最高证据级别（经实验验证存在）[^3] > *证据等级说明*： > - PE 1：实验证据 > - PE 2：转录证据 > - PE 3：同源推断 > - PE 4：预测蛋白 > - PE 5：不确定 #### 8. **序列版本 (Sequence Version)** - `SV=1`：序列修订次数（初始版本） --- ### 关键功能与背景解读 1. **二硫键异构酶 (PDI)**： - 催化半胱氨酸残基间形成正确的二硫键（$ \text{2 R-SH} \rightarrow \text{R-S-S-R} $） - 对叶绿体蛋白质折叠和质量控制至关重要[^4] 2. **pTAC5 复合物**： - 参与调控叶绿体基因转录 - 维持光合作用相关基因表达（如 *psbA*, *rbcL*）[^5] 3. **拟南芥中的意义**： - 叶绿体发育缺陷会导致白化表型 - PTAC5 突变体表现光合作用受损 --- ### 扩展分析建议 1. **功能域验证**： - 使用 InterPro 搜索 `A1A6M1`，确认是否含 **thioredoxin 结构域**（PDI 特征域） - 链接：https://www.ebi.ac.uk/interpro/ 2. **亚细胞定位验证**： - 通过 TargetP 预测：`https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TargetP-2.0` - *预期结果*：叶绿体定位信号强（chloroplastic score >0.8） 3. **互作网络分析**： - STRING 数据库查询 PTAC5 的相互作用蛋白： ```url https://string-db.org/cgi/network.pl?input=PTAC5&species=3702 ``` --- ### 相关问题 1. UniProt 中 `sp` 和 `tr` 前缀有何区别？ 2. 如何通过实验验证蛋白质的亚细胞定位？ 3. 二硫键异构酶在真核细胞中的主要功能是什么？ 4. 蛋白质证据等级（PE值）的具体分级标准是什么？ 5. 拟南芥 pTAC 蛋白复合物的组成与功能有哪些？ [^1]: UniProt 数据库标识符规范 [^2]: 拟南芥叶绿体转录复合物研究 [^3]: UniProt 证据等级系统(PE) [^4]: 二硫键异构酶催化机制 [^5]: 叶绿体基因转录调控机制