> snp_data <- read.vcf("E:/00-All.vcf") %>% as.data.table(SNP) 错误于read.vcf("E:/00-All.vcf") %>% as.data.table(SNP): 没有"%>%"这个函数
时间: 2024-11-29 13:33:51 浏览: 89
看起来你是在尝试使用R语言进行数据处理,但是遇到了一个错误,因为`%>%`是`magrittr`包中的管道操作符,并不是`read.vcf()`或`as.data.table()`函数的一部分。在这个上下文中,`read.vcf()`是一个读取VCF文件(Variant Call Format,一种遗传学数据存储格式)的函数,而`as.data.table()`则是将数据转换为data.table对象。
错误提示告诉你,你无法直接在`read.vcf()`的结果上应用`as.data.table(SNP)`。你应该先使用`read.vcf()`函数读取文件,然后将结果赋值给一个变量,再对这个变量进行`as.data.table()`操作。正确的步骤可能是这样的:
```r
snp_data <- read.vcf("E:/00-All.vcf")
snp_data <- as.data.table(snp_data$SNP) # 如果SNP是数据框的一个列
```
如果你的目的是从VCF文件中提取SNP信息并将其转换为data.table,那么需要确保`snp`数据已经被正确地解析出来,可能是作为列名或者数据部分,具体取决于`read.vcf()`的返回结构。
相关问题
上述仍然报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/hapmap_3.3.hg38.vcf.gz --output-log hwe_pashing.log --thread 8 Phaser mode : option '--output' is ambiguous and matches '--output-from', '--output-graph', '--output-log', '--output-max', and '--output-to'
看起来问题出在"--output-map"选项上。根据报错信息,该选项的值应该是一个文件名,但你提供的是一个VCF文件的路径。建议你指定一个文件名来作为输出的marker信息文件。比如,你可以使用"--output-map hwe_pashing.map"选项来指定输出文件名。请尝试以下命令:
```
shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8
```
其中,"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名。请根据你的实际需求进行相应的修改。
报错shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output-phasing hwe_pashing --output-log hwe_pashing.log Phaser mode : unrecognised option '--output-phasing'
抱歉,我的前面回答有误。根据你的新报错信息,看起来ShapeIt并不支持"--output-phasing"选项。可以尝试使用以下命令:
```
shapeit --input-vcf hwe.snp.vcf.gz --input-ref /data2/qixb/zhangzh/database/Ref_NGS_need_file/Homo_sapiens_assembly38.fasta --output hwe_pashing.phased --output-map hwe_pashing.map --output-log hwe_pashing.log --thread 8
```
其中,"--output"选项指定输出的phase文件名,"--output-map"选项指定输出的marker信息文件名,"--output-log"选项指定输出的日志文件名,"--thread"选项指定使用的线程数。请根据你的实际需求进行相应的修改。
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