已知六段dna序列,由FASTA格式存储在文件1.txt中。读取文件中的DNA序列,并将各DNA序列的互补链输出到1.txt相应的位置,并求解原DNA序列的G, C数量。
时间: 2024-02-27 21:52:57 浏览: 143
好的,可以采用Python3来解决这个问题。以下是代码实现:
```python
# 读取文件并解析FASTA格式
with open('1.txt', 'r') as f:
content = f.read().split('>')[1:]
dna_dict = {}
for dna in content:
dna = dna.strip().split('\n')
dna_name = dna[0]
dna_seq = ''.join(dna[1:])
dna_dict[dna_name] = dna_seq
# 定义函数求解DNA序列的互补链
def reverse_complement(seq):
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
return ''.join([complement[base] for base in seq[::-1]])
# 求解原DNA序列的GC含量
gc_count = 0
total_count = 0
for dna_seq in dna_dict.values():
gc_count += dna_seq.count('G') + dna_seq.count('C')
total_count += len(dna_seq)
gc_content = gc_count / total_count * 100
# 输出互补链并写入文件
with open('1.txt', 'w') as f:
for dna_name, dna_seq in dna_dict.items():
complement_seq = reverse_complement(dna_seq)
f.write('>' + dna_name + '\n' + complement_seq + '\n')
# 将GC含量写入文件末尾
f.write('GC Count: ' + str(gc_count) + '\n')
f.write('Total Count: ' + str(total_count) + '\n')
f.write('GC Content: ' + str(gc_content) + '%\n')
```
这段代码首先读取文件1.txt中的DNA序列,然后使用`reverse_complement`函数求解互补链,并将结果写入文件。最后,代码计算原DNA序列的GC含量并将结果写入文件末尾。
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