bsub -m 可以和-q 一起用吗

<think>嗯，用户这次又提供了一个脚本，并希望我帮忙分析或解决可能的问题。先看一下用户提供的脚本内容。 首先，脚本开头是LSF作业提交的指令，比如#BSUB开头的行，设置作业名称、核心数、输出和错误日志文件。看起来用户是在使用LSF（Load Sharing Facility）作业调度系统提交一个任务。任务名称是Mummer，用1个核心，运行在单个节点上，输出和错误日志分别以Mummer.%J.out和Mummer.%J.err命名。这部分应该没问题，常见的LSF配置。 接下来是变量acc的设置，指向一个路径。然后是一个for循环，循环读取${acc}/144.accs.txt文件的第一列，对每个i执行sh mummer-core-block-152.sh ${i} &，最后等待所有后台进程完成。 用户之前的问题是关于脚本中的语法错误，因为Windows换行符的问题。现在可能用户又遇到了类似的问题，或者想确认当前脚本是否正确，或者运行时是否有其他问题。 需要检查用户提供的脚本是否有潜在问题。首先，查看循环部分： for i in `cut -f1 ${acc}/144.accs.txt` ; do sh mummer-core-block-152.sh ${i} & done wait 这里使用了反引号执行cut命令，获取144.accs.txt的第一列作为循环变量i的值。然后后台执行脚本，最后wait等待所有子进程结束。可能的问题点： 1. 反引号`可能导致的问题，比如在之前的错误中用户遇到了\r的问题，可能这个accs.txt文件是否有CRLF换行符？或者脚本本身是否有CRLF的问题？ 不过用户之前的错误是脚本的行尾符问题，已经被解决，现在可能这个新脚本是否有同样的问题？比如用户可能在Windows环境下编辑了脚本，导致行尾符错误。 另外，可能需要注意反引号`和$()的区别，建议使用$()更安全，但这里可能不是问题根源。另外，如果accs.txt文件有特殊字符，可能会影响循环的处理。 另外，脚本中的sh命令是否正确？如果mummer-core-block-152.sh没有执行权限，可能需要加上chmod +x，或者用bash来执行。不过用户用了sh，可能没问题。 另外，循环中每个迭代都后台执行，如果144.accs.txt有很多行，可能会同时启动大量进程，而用户只申请了1个核心，这可能导致资源竞争或性能问题。用户可能希望并行处理，但LSF作业申请的是1个核心，却同时运行多个任务，这可能不合适。可能需要调整LSF的资源请求，比如申请更多核心，或者调整并行数量。 不过用户可能已经知道这点，或者这个脚本是设计成在单核上并行运行多个任务？需要进一步确认。 可能的解决方案： 1. 检查脚本的行尾符，是否CRLF导致错误，使用dos2unix转换。 2. 替换反引号为$()，比如for i in $(cut -f1 ${acc}/144.accs.txt); do 3. 确保acc变量指向的路径正确，且144.accs.txt存在且可读。 4. 检查mummer-core-block-152.sh脚本是否有执行权限，路径是否正确。 5. 如果后台进程过多导致资源不足，可能需要限制并发数，例如使用xargs -P或者并行工具。 此外，用户可能在提交作业时遇到错误，或者在运行脚本时出现其他问题，需要具体错误信息才能进一步诊断。不过根据当前提供的脚本，可能的问题点包括行尾符、文件路径、并行处理资源不足等。需要建议用户检查这些方面。</think>根据您提供的脚本内容，以下是关键分析及优化建议： **一、原脚本解析** ```bash #BSUB -J Mummer # 定义作业名为Mummer #BSUB -n 1 # 申请1个计算核心 #BSUB -R span[hosts=1] # 限制在单节点运行 #BSUB -o Mummer.%J.out # 指定标准输出文件 #BSUB -e Mummer.%J.err # 指定错误输出文件 acc=/public/home/yding24/pangenome/PanRice for i in `cut -f1 ${acc}/144.accs.txt` ; do sh mummer-core-block-152.sh ${i} & done wait ``` **二、潜在问题分析** 1. **行尾符兼容性问题**（高概率） - 错误提示`$'do\r'`表明存在Windows换行符（CRLF） - 典型表现：`\r`导致shell解析失败 2. **并行资源冲突**（中风险） - 使用`&`后台启动多个任务但仅申请1核 - 实际运行会产生资源竞争（每个`mummer-core`任务默认需要1核） 3. **路径可靠性问题** - `${acc}/144.accs.txt`文件可能存在权限/路径错误 - `mummer-core-block-152.sh`脚本可能缺失执行权限 **三、改进方案** ```bash #!/bin/bash #BSUB -J Mummer #BSUB -n 10 # 根据实际需求调整核心数 #BSUB -R span[hosts=1] #BSUB -o Mummer.%J.out #BSUB -e Mummer.%J.err acc="/public/home/yding24/pangenome/PanRice" input_file="${acc}/144.accs.txt" # 校验关键文件 [ -f "$input_file" ] || { echo "ERROR: 144.accs.txt 不存在"; exit 1; } [ -x "mummer-core-block-152.sh" ] || chmod +x mummer-core-block-152.sh # 使用现代命令替换语法 while IFS=$'\t' read -r id _; do ./mummer-core-block-152.sh "$id" & done < <(tail -n +1 "$input_file") # 跳过可能的标题行 wait ``` **四、实施步骤** 1. **修复行尾符** ```bash dos2unix your_script.sh # 或使用 sed -i 's/\r//' your_script.sh ``` 2. **资源调整建议** - 根据`mummer-core`单任务消耗资源调整`#BSUB -n`值 - 示例：若每个任务需2核，申请`#BSUB -n 20`可支持10并行任务 3. **增强健壮性** ```bash # 添加任务数限制（示例限制5并行） max_jobs=5 while ...; do ./mummer-core-block-152.sh "$id" & (( $(jobs -p | wc -l) >= max_jobs )) && wait -n done ``` **五、调试建议** ```bash # 1. 手动测试文件读取 cut -f1 ${acc}/144.accs.txt | head -n 3 # 2. 单独测试脚本执行 ./mummer-core-block-152.sh TEST_ID # 3. 查看LSF日志 tail -f Mummer.*.out Mummer.*.err ``` **附：行尾符对比检测** ```bash # 显示不可见字符（CR会显示为^M） cat -A your_script.sh | head -n 10 # 期望输出： # for i in $(cut...)^M$ # 异常输出： # for i in $(cut...)$ ``` 修改后脚本应能规避语法错误，若仍存在问题，请提供`Mummer.*.err`中的最新报错内容。

这是一个使用 LSF（Load Sharing Facility）系统提交作业的命令，其中各个参数的含义如下： - `-b` 表示将作业提交到后台运行。 - `-I` 表示在作业运行期间保持标准输入开放。 - `-q q_sw_cpc2023` 表示将作业提交到名为 q_sw_cpc2023 的队列中。 - `-shared` 表示作业运行在共享模式下。 - `-n 1` 表示作业占用一个计算节点。 - `-cgsp 64` 表示将计算资源按照64个核心的比例分配给作业。 - `-host_stack 1024` 表示设置作业的堆栈大小为1024KB。 - `-share_size 15000` 表示设置作业运行所需的最大内存限制为15000MB。 - `./pcg_solve` 表示要运行的程序名称及其路径。