Jmol: 深度探索开源3D化学结构交互式查看器

Jmol支持多种运行模式，包括基于jQuery的纯HTML5网络应用程序、Java小程序、独立Java程序(Jmol.jar)以及服务器端组件(JmolData.jar)。Jmol支持多种文件类型，如PDB、CIF、SDF、MOL、PyMOL PSE文件和Spartan文件，以及Gaussian、GAMESS、MOPAC、VASP、CRYSTAL、CASTEP、QuantumEspresso、VMD等量子化学的输出文件。Jmol可以从多个数据库获取文件，包括RCSB、EDS、NCI、PubChem和MaterialsProject。Jmol支持加载和比较多个文件，具有丰富的脚本语言和完善的Web API，可以轻松定制用户界面。Jmol还支持交互式动画和线性变形功能。此外，Jmol与其他工具如光谱查看器JSpecView、2D->3D转换工具JSME、图像工具POV-Ray以及用于3D打印的CAD程序都有良好的接口。" 知识点详细说明: 1. Jmol是一个开源的三维化学结构查看器，广泛应用于教育和科研领域。 2. Jmol支持多种运行模式，包括HTML5网络应用程序、Java小程序、独立Java程序和服务器端组件，满足不同环境下的使用需求。 3. Jmol能够读取和处理多种文件格式，包括常用的化学结构文件格式如PDB、CIF、SDF、MOL，以及一些专业的量子化学计算输出文件，如Gaussian、GAMESS、MOPAC等，使得Jmol成为跨学科的工具。 4. Jmol可以直接从多个公共数据库获取化学数据，如RCSB、EDS、NCI、PubChem和MaterialsProject，极大地提高了数据获取的便利性。 5. Jmol支持加载和比较多个文件，这对于化学结构分析和比较尤其重要。 6. Jmol具有强大的脚本语言和完善的Web API，可以根据用户需求定制查看器的功能和界面，提供高度的灵活性和可扩展性。 7. Jmol支持交互式动画和线性变形功能，可以帮助用户更直观地理解化学结构的变化和动态特性。 8. Jmol能够与其他工具和软件进行良好的集成，例如与光谱查看器JSpecView集成用于查看光谱数据，与JSME集成进行2D到3D结构的转换，与POV-Ray集成进行图像渲染，以及与CAD软件集成用于3D打印，从而形成了一个强大的化学软件生态系统。 9. 由于Jmol的开源性质，用户可以自由地修改、改进和分发软件，促进了科学社区的合作和知识的共享。 10. Jmol的广泛使用和社区支持表明其在化学教育和研究领域的普遍认可，其丰富的功能和灵活的应用场景使其成为一个不可或缺的工具。 压缩包子文件的文件名称列表中提供的"jmol-14.31.41"可能是指Jmol软件的某个具体版本的安装包或文件。通常，软件版本号由三部分组成：主版本号、次版本号和修订号，分别代表了软件的主要更新、次要更新和bug修复或小的功能改进。在这个例子中，"jmol-14.31.41"表示该版本的Jmol是主版本号为14，次版本号为31，修订号为41的版本。