Jmol: 开源三维化学结构交互式查看器

Jmol是一个功能强大的工具，用于查看和分析化学结构。" 知识点详细说明： 1. Jmol的功能和应用范围 Jmol是一个用于3D化学结构的分子查看器，它可以在多种平台上运行，包括网页、Java应用程序和服务器端应用程序。它支持多种文件类型，包括但不限于PDB、CIF、SDF、MOL、PyMOL PSE文件和Spartan文件。此外，Jmol还可以读取多种量子化学软件的输出文件，如Gaussian、GAMESS、MOPAC、VASP、CRYSTAL、CASTEP、QuantumEspresso、VMD等。这意味着Jmol可以用于广泛的应用，包括教育、研究和科学可视化。 2. Jmol的运行模式 Jmol可以以四种独立的模式运行，分别是使用jQuery的纯HTML5网络应用程序、Java小程序、独立的Java程序（Jmol.jar）和“无头”服务器-侧组件（JmolData.jar）。每种模式都有其特定的应用场景和优势，用户可以根据需要选择合适的运行模式。例如，HTML5模式可以在现代浏览器中运行，而Java小程序模式则可以用于那些不支持现代网络技术的环境。 3. Jmol的文件读取和数据库支持 Jmol支持从多个数据库直接传输文件，包括RCSB、EDS、NCI、PubChem和MaterialsProject等。这意味着用户可以直接从这些数据库获取化学结构数据，无需手动下载和上传文件。此外，Jmol还可以加载和比较多个文件，这对于进行复杂的化学分析和研究非常重要。 4. Jmol的脚本语言和Web API Jmol提供了一套丰富的脚本语言和完善的Web API，这使得用户可以轻松定制用户界面，实现高度个性化的用户体验。通过脚本语言，用户可以控制Jmol的行为，如加载文件、设置视图、执行计算等。Web API则允许开发者将Jmol集成到其他应用程序和网页中，进一步扩展其功能。 5. Jmol的额外功能和集成 Jmol与其他几个有用的工具和程序集成，提供额外的功能。例如，与用于光谱的JSpecView、用于2D到3D转换的JSME、用于图像的POV-Ray以及用于3D打印（VRML导出）的CAD程序都有很好的接口。这些集成使得Jmol不仅是一个查看器，还是一个强大的工具，可以用于从2D结构生成3D模型，从模型导出图像和进行3D打印，以及进行光谱分析等。 6. Jmol的开源属性 Jmol是开源软件，这使得它具有很高的灵活性和可定制性。开源软件意味着源代码可以被查看和修改，这使得社区可以参与改进和发展Jmol。此外，作为开源软件，Jmol通常可以免费使用，这降低了使用成本，并使更多的人能够访问和使用这种强大的工具。 7. Jmol的版本信息 给定的文件信息中包含了特定的版本号"jmol-14.31.45"。这表明我们讨论的Jmol版本是14.31.45。版本号是软件更新和维护的重要标识，通常包含对软件的改进和错误修复的信息。开发者和用户通常需要关注特定的版本号，以确保他们使用的是最稳定和功能最全的版本。