NCBI使用教程：基因序列、引物设计与BLAST比对

"这篇教程详细介绍了如何使用NCBI（美国国家生物技术信息中心）进行分子生物学相关的查询和分析，包括查找DNA、mRNA、cDNA、蛋白质序列，搜索启动子序列，引物设计以及利用BLAST进行序列比对。教程以人IL6基因为例，逐步演示了在Map Viewer中查找基因序列、mRNA序列和启动子的具体操作步骤。" NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个全球重要的生物信息学资源库，提供了丰富的分子生物学数据和工具。在这个教程中，作者urbest2007分享了自己使用NCBI的经验，旨在帮助初学者更好地理解和运用该平台。 首先，教程讲解了如何查找基因序列、mRNA和启动子。以人IL6基因为例，用户需要在Map Viewer中选择物种（如人），输入目的基因名称（如IL6），然后应用过滤器选择“Gene”，这将显示目的基因在染色体上的位置和参考序列。尽管不同参考序列可能存在微小差异，但通常对研究分析影响不大，最常用的通常是顶部的序列。 接下来，教程涉及如何查找连续的mRNA、cDNA和蛋白质序列，这对于理解基因表达和翻译过程至关重要。NCBI提供了多种数据库，如GenBank，可以检索到这些序列信息。 再者，教程还提到了运用STS（Sequence Tagged Sites）查找已公布的引物序列，这对于实验设计特别是PCR反应非常重要。通过NCBI的数据库，研究人员可以找到已知的引物序列，以便进行基因克隆或检测。 最后，教程介绍了如何使用BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）进行序列比对和检验引物特异性。BLAST是NCBI的核心工具之一，可以快速比较用户提供的序列与数据库中的大量序列，帮助识别相似性，评估引物设计的有效性和特异性。 这篇教程覆盖了NCBI的基础使用方法，对于生命科学领域的学生和研究人员来说是一份宝贵的指南。它鼓励用户分享自己的使用经验，以促进共同学习和提高。此外，NCBI的其他功能，如基因功能注释、结构预测、疾病关联研究等，也是高级用户可以进一步探索的领域。