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MATLAB实现图片t-sne分布可视化

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在介绍的知识点中,我们将围绕标题中提到的"T-SNE 图片显示 分布"的概念进行详细解读。首先,T-SNE(t-distributed Stochastic Neighbor Embedding)是一种常用于高维数据可视化的方法,特别适用于将高维空间中的数据点映射到二维或三维空间中,以便于人们直观地观察和理解数据的结构。MATLAB是一种广泛使用的数学计算和可视化软件,非常适合用于实现T-SNE算法以及数据的进一步处理。 描述部分指出,我们需要在MATLAB环境中使用t-sne技术来显示图片在t-sne上的分布,而不是传统的点状图。这说明了我们需要将图片数据转换为适合进行T-SNE分析的格式,并将分析结果可视化地展示出来。这里的“不是点状图”可能意味着需要通过特殊的处理或可视化技巧来展示图片数据。 接下来,我们将详细讨论以下几个方面的知识点: 1. T-SNE 算法的原理和应用: T-SNE算法基于概率模型,将高维空间中的点映射到低维空间时,尽量保持原有数据点间的相似度。在高维空间中,点之间的距离是欧几里得距离,而在低维空间中,T-SNE使用条件概率来表示点之间的相似度。简单来说,就是保持了数据点的局部结构,使得相似的数据点在低维空间中也相互靠近。 T-SNE的应用范围非常广泛,包括但不限于图像分析、自然语言处理、基因表达数据分析等。在图像处理领域,T-SNE可以帮助研究者观察和分析图像数据的集群分布情况,从而用于分类、识别等任务。 2. MATLAB 中实现 T-SNE: MATLAB提供了内置函数或工具箱支持T-SNE算法的实现。用户可以调用相关的函数来进行高维数据的降维,并通过函数返回的结果对数据点进行可视化展示。 3. 数据准备: 标题中提到“需要自己准备图片数据”。这暗示了使用T-SNE进行图片分布展示之前,需要进行图像预处理,如提取图像特征、归一化、甚至可能的特征选择等步骤。图片数据通常包含成千上万的像素点,直接使用原始像素值并不适合进行T-SNE分析,因此需要先将图片转换为特征向量的形式。 4. 文件列表说明: - show_embedding.m:这是一个MATLAB脚本文件,很可能是用户编写的自定义函数或主函数,用于读取降维后的数据,并将其可视化展示。 - imagenet_val_embed.mat:此文件可能是一个MATLAB数据文件,它包含了ImageNet数据集验证集的特征向量,这些向量是经过T-SNE或其他方法降维得到的。 - val_imgs_med.txt:这个文本文件可能包含了验证图片的文件名或其他元数据信息,可能用于展示时的图像匹配和引用。 5. 图片分布的可视化展示: 在MATLAB中实现图片的T-SNE分布可视化,并不是简单的点状图。可能涉及到将图像数据转化为可以在二维平面上展示的散点图,并使用不同的颜色或标签来区分不同的类别,或者根据图像内容调整散点的大小、形状等属性。 在具体实现T-SNE可视化的过程中,可能需要以下几个步骤: a. 数据准备:从原始图片数据中提取特征向量。 b. 降维处理:使用T-SNE算法对提取的特征向量进行降维。 c. 数据可视化:将降维后的数据点以图形的形式展现出来,比如使用MATLAB的绘图功能。 d. 结果解读:根据展示的结果分析图片数据的分布情况,识别出可能的集群或类别,并对不同集群进行标记或解释。 总结来说,T-SNE是一种强大的降维和可视化工具,能够在高维数据中发现有趣的结构,帮助我们更好地理解数据。MATLAB作为实现T-SNE的平台,提供了强大的计算和可视化支持。通过上述的知识点展开,我们能够更深入地理解T-SNE在图像数据可视化中的应用,并掌握在MATLAB环境下进行相应操作的技能。

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# 加载必要的库 library(readxl) library(tidyverse) library(Rtsne) setwd("D:/更年期项目/基于UR、VA样本分组看表型差异/3个分组/t-SNE图") # 导入表格 merged_df <- read.csv("filtered_data_GUT.csv") site <- unique(merged_df$site) # 过滤掉存在率较低的种类和总丰度为零的样本 # merged_df[merged_df < 0.000001] <- 0 # presence_count <- colSums(merged_df[, -c(1:8)] > 0) # presence_rate <- presence_count / nrow(merged_df) # merged_df <- merged_df[, c(TRUE, TRUE,TRUE, TRUE, TRUE, presence_rate >= 0.01), drop = FALSE] # merged_df <- merged_df[rowSums(merged_df[,-c(1:5)]) != 0, ] # 筛选出good和Bad组 merged_df <- merged_df %>% filter(group_2 %in% c("good","bad")) merged_df <- merged_df %>% select(-c(group_3,group_1)) %>% rename(group = group_2) # 获取所有时间点 time_points <- unique(merged_df$time) # 自定义调色板 palette <- c("good" = "#9370DB", "bad" = "#FFD966") # 循环绘制每个时间点的 t-SNE 图 for (time in time_points) { # 过滤出当前时间点的数据 time_data <- merged_df %>% filter(time == !!time) # 计算当前样本数量 current_num_samples <- nrow(time_data) # 动态设置 perplexity perplexity_value <- min(30, max(1, current_num_samples / 3)) # 运行 t-SNE tsne_result <- Rtsne(time_data[,-c(1:8)], dims = 2, check_duplicates = FALSE, perplexity = perplexity_value, verbose = TRUE, max_iter = 500) # 匹配分组标签并创建 t-SNE 数据框 group_labels <- time_data$group tsne_data <- data.frame(tsne_result$Y, Group = group_labels) colnames(tsne_data) <- c("Dim1", "Dim2", "Group") # 提取两个分组的数据 group1_data <- tsne_data[tsne_data$Group == "good", ] group2_data <- tsne_data[tsne_data$Group == "bad", ] # 对两个维度分别进行 t 检验 t_test_dim1 <- t.test(group1_data$Dim1, group2_data$Dim1) t_test_dim2 <- t.test(group1_data$Dim2, group2_data$Dim2) # 获取 p 值并计算综合 p 值 p_values_t <- c(t_test_dim1$p.value, t_test_dim2$p.value) fisher_stat <- -2 * sum(log(p_values_t)) df <- 2 * length(p_values_t) p_value_combined_t <- 1 - pchisq(fisher_stat, df) # 绘制 t-SNE 图 p <- ggplot(tsne_data, aes(x = Dim1, y = Dim2, color = Group)) + geom_point(alpha = 0.6, size = 3) + scale_color_manual(values = palette) + labs(title = paste("t-SNE Plot for", site, "Time:", time), x = "Dimension 1", y = "Dimension 2") + theme_minimal() + stat_ellipse(data = group1_data, aes(color = Group), alpha = 0.5, level = 0.95) + stat_ellipse(data = group2_data, aes(color = Group), alpha = 0.5, level = 0.95) + annotate("text", x = mean(tsne_data$Dim1), y = min(tsne_data$Dim2) - 2, label = paste("t-test (combined) p:", sprintf("%.4e", p_value_combined_t)), hjust = 0.5, vjust = 1, size = 3, color = "black") # 显示图形 print(p) print(p_value_combined_t) # 保存图形 ggsave(filename = paste0("tsne_plot_site ",site, time, ".pdf"), plot = p, width = 5, height = 4) }