[置顶] 各种工具汇总（2023-06-27更新）
摘要： ## 1、 基因ID转换工具 https://hum-molgen.org/NewsGen/08-2009/000020.html ## 2、 the known binding sites of all TFs R 包 MotifDb： https://github.com/PriceLab/Mo 阅读全文
posted @ 2021-06-14 13:51 橙子牛奶糖 阅读(2372) 评论(2) 推荐(1)
[置顶] 关于文章致谢
摘要： 这些年，陆陆续续收到不少小伙伴问我怎么在文章中致谢我，给个统一模板： We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX XXX 部分请自由发挥。 阅读全文
posted @ 2021-06-03 21:54 橙子牛奶糖 阅读(905) 评论(0) 推荐(2)
[置顶] 公共数据库信息汇总(20210926更新)
摘要： 1. 人类基因组转录起始位点 TSS http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/current/human/refTSS_v3.1_human_coordinate.hg38.bed.gz http://reftss.clst.riken.jp/datafiles/ 阅读全文
posted @ 2021-06-02 22:53 橙子牛奶糖 阅读(1501) 评论(0) 推荐(2)
[置顶] 全基因组关联分析学习资料（GWAS tutorial）20210313更新版
摘要： 时隔一年多，于今日（20210313）再次更新教程，后续如果新出教程的话会一直更新。 同时感谢多年陪伴我成长、一直默默关注我的**「你们」**~ by 「橙子牛奶糖（陈文燕）」 1.前言 很多人问我有没有关于全基因组关联分析（GWAS）原理的书籍或者文章推荐。 其实我个人觉得，做这个分析，先从跑流程 阅读全文
posted @ 2019-11-06 09:49 橙子牛奶糖 阅读(24782) 评论(13) 推荐(12)
[置顶] GWAS研究可利用的数据库（20211008更新）
摘要： 1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型（genotype）、是否能下载到GWAS结果文件（P值、效应值、SNP位点）。目前收集到的有如下： 参考到这些数据库的文献：Genome-wide association study identifies 74 loci associated wit 阅读全文
posted @ 2018-04-28 20:03 橙子牛奶糖 阅读(24150) 评论(1) 推荐(2)
2025年6月2日
不同的protein panels测出来的蛋白质水平有差别吗，为什么要用不同的protein panels进行蛋白质水平的测量？
摘要： 蛋白质水平是否不同 是的，不同的蛋白质面板测量的蛋白质水平似乎会有所不同。这是因为每个面板都设计用来测量与特定疾病领域或生物过程相关的独特蛋白质集合。例如，心血管代谢面板专注于与心血管和代谢疾病相关的蛋白质，而炎症面板则关注与免疫和炎症过程相关的蛋白质。由于这些面板测量的是不同的蛋白质，它们的水平自 阅读全文
posted @ 2025-06-02 22:30 橙子牛奶糖 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)
2025年4月28日
Science | 单细胞鉴定新型脂肪前体细胞：中年肥胖的细胞机制
摘要： 关键词 脂肪祖细胞、年龄相关肥胖、LIFR信号通路、内脏脂肪积累、单细胞RNA测序 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Science》杂志上的一篇研究，标题为“Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active a 阅读全文
posted @ 2025-04-28 20:29 橙子牛奶糖 阅读(173) 评论(0) 推荐(0)
Nature Genetics | 性别差异基因调控的多组学解析
摘要： 关键词 性别差异、多组学分析、空间转录组学、衰老 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“Multi-omic and spatial analysis of mouse kidneys highlights sex-specific di 阅读全文
posted @ 2025-04-28 16:18 橙子牛奶糖 阅读(67) 评论(0) 推荐(0)
2025年4月18日
Nature Genetics | 黑色素瘤微环境新机制：桥粒突变如何“助攻”肿瘤增殖？
摘要： **关键词 桥粒突变、黑色素瘤、肿瘤微环境、角质形成细胞、空间转录组学 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote 阅读全文
posted @ 2025-04-18 22:31 橙子牛奶糖 阅读(24) 评论(0) 推荐(0)
Science | 结构变异对昆虫适应性进化的关键作用
摘要： 关键词 基因组结构变异、适应性进化、竹节虫、染色体易位、自然选择 摘要总结 这篇文章是 2025 年 4 月发表在《Science》杂志上的一篇研究，标题为 “Adaptation repeatedly uses complex structural genomic variation”。该研究通过 阅读全文
posted @ 2025-04-18 22:10 橙子牛奶糖 阅读(68) 评论(0) 推荐(0)
2025年4月15日
Nature Genetics | 不孕症常见和罕见变异位点及自然选择分析
摘要： 关键词 不孕症、全基因组关联研究、生殖激素、遗传位点、自然选择 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“Genome-wide analyses identify 25 infertility loci and relationships 阅读全文
posted @ 2025-04-15 21:09 橙子牛奶糖 阅读(47) 评论(0) 推荐(0)
2025年4月14日
Science | GWAS解码人类骨盆演化之谜：遗传结构与进化限制的深度解析
摘要： 关键词 人类骨盆形态、基因组关联研究、产科困境、骨盆底健康、基因-环境交互 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Science》杂志上的一篇研究，标题为“The genetic architecture of and evolutionary constraints on the human 阅读全文
posted @ 2025-04-14 22:33 橙子牛奶糖 阅读(34) 评论(0) 推荐(0)
Nature Genetics | 单细胞多组学揭示高危神经母细胞瘤化疗耐药新机制
摘要： 关键词 单细胞多组学、神经母细胞瘤、化疗耐药性、肿瘤微环境、巨噬细胞 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“Longitudinal single-cell multiomic atlas of high-risk neuroblasto 阅读全文
posted @ 2025-04-14 22:16 橙子牛奶糖 阅读(48) 评论(0) 推荐(0)
Nature Genetics | CHOIR：基于统计推断的单细胞聚类新方法，精准识别细胞类型与状态
摘要： 关键词 单细胞数据、聚类分析、CHOIR算法、细胞类型、生物异质性 摘要总结 这篇文章是2025年4月发表在《Nature Genetics》杂志上的一篇研究，标题为“CHOIR improves significance-based detection of cell types and stat 阅读全文
posted @ 2025-04-14 20:04 橙子牛奶糖 阅读(120) 评论(0) 推荐(0)
Cell | 绘制人类蛋白质组分布图谱，揭示疾病中血浆蛋白质动态变化
摘要： 关键词 人类蛋白质组、血浆蛋白质组、组织特异性、疾病动态、质谱分析 摘要总结 这篇文章是2025年发表在《Cell》杂志上的一篇研究，标题为“Human proteome distribution atlas for tissue-specific plasma proteome dynamics” 阅读全文
posted @ 2025-04-14 20:04 橙子牛奶糖 阅读(115) 评论(0) 推荐(0)
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