用于基因组学分析的加速计算
快速、准确且可扩展的生物信息学工作流解决方案
NVIDIA Parabricks
加速基因组学分析
NVIDIA® Parabricks® 是一款用于二级分析的可扩展基因组学软件套件，可提供可信开源工具的 GPU 加速版本。
与领先的测序仪器兼容，研究人员、生物信息学家和数据科学家可以在各种生物信息学工作流中使用 Parabricks。
Parabricks 可通过更快的运行时间提高速度并降低成本，同时提高准确性并确保透明度。 因此，研究人员可以更快地发现生物学见解和发现。
NVIDIA AI Blueprint
轻松部署基因组学和单细胞解决方案
NVIDIA AI Blueprint 是适用于基因组学和单细胞分析的轻量级、易于部署的蓝图。
AI Blueprints 专为生物信息学家和基因组学平台提供商打造，允许用户轻松部署和测试 NVIDIA Parabricks 和 NVIDIA RAPIDS™ (包括由 scverse 开发的 RAPIDS 单细胞) ，而无需 GPU 或云配置。
通过轻松评估和扩展加速基因组学库的可访问性，科学家和研究人员可以通过更快的启动和运行速度进一步了解基因组。
NVIDIA NIM 微服务
优化对齐和变体识别
NVIDIA NIM™ 微服务是经过优化且可组合的生产就绪型微服务，具有用于对齐的 FQ2BAM 和用于通用变体识别的 DeepVariant。
数据科学家和开发者可以通过行业标准 API 获取生成式 AI 的最新进展，从而轻松创建和部署云原生应用。
告别耗时分析：生产级、行业标准的序列比对，几分钟搞定；同时优化各测序平台的变异检出性能。
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常见问题解答
NVIDIA Parabricks 是用于二级基因组分析的 GPU 加速软件套件。Parabricks 与所有主流的测序仪器兼容，支持多种生物信息学工作流。
Parabricks 可提高二级基因组分析的速度，降低成本并提高准确性。
- 提高速度：与仅使用 CPU 的解决方案相比，全基因组测序 (WGS) 的分析速度提高了 135 倍。
- 降低成本：与仅使用 CPU 的解决方案相比，WGS 的计算成本最多可降低 50%。
- 提高准确性：为所有主流测序仪部署高精度深度学习。
- 确保透明度：重现来自可信开源工具的结果。
Parabricks 可作为 NVIDIA NGC™ 云服务上的公共容器在本地或任何平台或服务商使用。
为了满足客户需求，让他们在临床工作流、大型测序项目、高吞吐量平台或其它需要即时协助的工作流程中获得 Parabricks 的技术支持，NVIDIA 提供了 NVIDIA AI Enterprise。
Parabricks 可在公共云服务商、平台及本地运行。
- 公共云服务商：AWS、Google Cloud、Oracle Cloud、Microsoft Azure、Naver Cloud Platform、百度智能云、阿里云
- 平台和合作伙伴：DNAnexus、Seqera、AWS HealthOmics、erra、 Velsera、FormBio 和 Lifebit
- 本地：NVIDIA DGX™ 系统、NVIDIA-Certified 服务器、Dell Technologies、Hewlett Packard Enterprise、联想、思科、Atos 和 Supermicro
是的，Parabricks 与开源工具的结果相符，因此您可以切换开源工具并获得与 Parabricks 完全相同的结果。但是，Parabricks 还可以加速这些工具，让您可以更快地运行分析。最新基准测试结果如下表所示。
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
基于热门 NVIDIA GPU 的最新基准测试，可提供最新支持、更快的速度和更低的每个样本成本。
运行时间单位为分钟 。
Parabricks 以 Docker 镜像的形式提供，可以在本地或任何有 NVIDIA GPU 可用的云环境中运行。 Parabricks 可生成与常见开源工具相当的结果，因此可用作直接替代品，以加速现有工作流程的关键部分。 它还完全可配置，允许用户选择要运行的步骤和参数设置，并与领先的工作流管理器 (例如 NextFlow 和 Cromwell) 兼容。
