ゲノミクス解析向けアクセラレーテッド コンピューティング
バイオインフォマティクス ワークフローのための高速、高精度、かつスケーラブルなソリューション
NVIDIA Parabricks
ゲノム解析の高速化
NVIDIA® Parabricks® は、信頼性の高いオープンソース ツールの GPU 対応版を提供する、二次解析向けのスケーラブルなゲノム解析ソフトウェア スイートです。
主要なシーケンシング機器と互換性があり、研究者、バイオインフォマティシャン、データ サイエンティストは様々な生物情報学ワークフローで Parabricks を活用できます。
Parabricks は処理時間の短縮によって速度を向上させ、コストを削減すると同時に、精度を高め、透明性を確保します。その結果、研究者は生物学的洞察や発見を迅速に得ることができます。
NVIDIA AI Blueprints
ゲノムおよび単一細胞 ソリューションを簡単に展開
NVIDIA AI Blueprint は、ゲノム及び単一細胞分析向けの軽量で簡単に展開できるブループリントです。
バイオインフォマティシャンやゲノム解析プラットフォーム プロバイダー向けに設計された AI Blueprints は、ユーザーが NVIDIA Parabricks および NVIDIA RAPIDS™ (scverse によって開発された RAPIDS-single-cell を含む) を簡単に展開およびテストできるようにします。これには GPU やクラウドの準備が不要です。
高速化されたゲノム解析ライブラリの評価とアクセシビリティの拡大を容易にすることで、科学者や研究者はより迅速に立ち上げて実行し、ゲノムの理解をさらに深めることができます。
NVIDIA NIM マイクロサービス
アラインメントとバリアント コーリングを最適化
NVIDIA NIM™ マイクロサービスは、アラインメント用の FQ2BAM と汎用バリアント コーリング用の DeepVariant を備えた、本番環境対応の最適化された組み合わせ可能なマイクロサービスです。
データ サイエンティストや開発者は、業界標準の API を使用して、クラウドネイティブ アプリケーションを簡単に作成および展開できる最新の生成 AI にアクセスできます。
時間のかかる解析を削減。アラインメントでは、本番環境対応の業界標準アラインメントが数時間ではなく数分で完了します。さらに、様々なシーケンシング プラットフォームからのバリアント コーリングのパフォーマンスを最適化します。
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FAQ
NVIDIA Parabricks は、GPU アクセラレーションを利用したゲノム解析用のソフトウェア スイートです。Parabricks は、業界をリードする主要なシーケンシング機器と互換性があり、多様なバイオインフォマティクス ワークフローをサポートしています。
Parabricks は、二次ゲノム解析のスピードを高め、コストを削減し、精度を向上させます。
- 速度の向上: CPU だけを使ったのソリューションと比較して、全ゲノム配列解析 (WGS) の分析速度が 135 倍高速になります。
- コスト削減: CPU だけを使ったソリューションと比較して、WGS のコンピューティング コストを最大 50% 削減します。
- 精度の向上: すべての主要シーケンサーに高精度のディープラーニングを展開します。
- 透明性の確保: 信頼性の高いオープンソースのツールで結果を再現します。
Parabricks は、NVIDIA NGC™ 上でパブリック コンテナーとして、オンプレミスまたはクラウドサービス プラットフォーム (プロバイダー) でご利用いただけます。
臨床ワークフロー、大規模シーケンシング プロジェクト、ハイスループット プラットフォーム、または速やかな支援が必要なその他のワークフローで Parabricks のサポートを必要とするお客様には、NVIDIA はNVIDIA AI Enterprise を提供します。
Parabricks は、パブリック クラウド プロバイダー、プラットフォーム、パートナー、およびオンプレミスで実行できます。
- パブリック クラウド プロバイダー: AWS、Google Cloud、Oracle Cloud、Microsoft Azure、Naver Cloud Platform、Baidu AI Cloud、Alibaba Cloud
- プラットフォームとパートナー: DNAnexus、Seqera、AWS HealthOmics、Terra、Velsera、FormBio、Lifebit
- オンプレミス: NVIDIA DGX™ システム、NVIDIA 認定サーバー、Dell Technologies、Hewlett Packard Enterprise、Lenovo、Cisco、Atos、Supermicro
Parabricks はオープンソースのツールの結果と一致するので、オープンソースのツールから Parabricks に切り替えても同じ結果を得ることができます。しかし、Parabricks はこれらのツールを加速させることで、さらに高速な分析を可能にします。最新の速度ベンチマークは、以下の表をご覧ください。
| NVIDIA RTX PROTM 6000 Newest Support | NVIDIA H100 SXM GPU | NVIDIA L4 GPU Lowest Cost Per Sample | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | 2 GPUs | 4 GPUs | |
| Giraffe(Paired-End) | 59.37 | 31.05 | 60.10 | 37.68 | 81.43 | 44.57 |
| DeepSomatic | 43.28 | 23.93 | 54.32 | 35.13 | 215.33 | 110.05 |
| Fq2bam(BWA-MEM) | 9.02 | 6.52 | 10.10 | 7.28 | 35.10 | 19.28 |
| rna_fq2bam(STAR) | 7.55 | 7.03 | 7.78 | 10.23 | 22.28 | 12.73 |
| fq2bam_meth(BWA-Meth) | 32.27 | 22.13 | 34.60 | 20.35 | 132.43 | 67.03 |
| DeepVariant | 4.67 | 2.75 | 7.60 | 5.90 | 13.83 | 8.03 |
| HaplotypeCaller | 8.33 | 3.83 | 8.63 | 4.17 | 14.20 | 7.03 |
| Mutect2 | 29.50 | 13.52 | 27.67 | 13.67 | 50.91 | 26.63 |
最も人気のある NVIDIA GPU に関する最新のベンチマークは、最新のサポート、最速のスピード、サンプルあたりの最低コストを示しています。
パフォーマンス時間は分単位で表示されます。
Parabricks は docker イメージとして利用可能であり、オンプレミスまたは NVIDIA GPU が利用可能なあらゆるクラウド環境で実行できます。Parabricks は、一般的なオープンソースのツールと同等の結果を生成します。そのため、既存のワークフローの主要部分を高速化するドロップインの代替品として使用できます。 また、完全に構成可能であり、ユーザーが実行するステップやパラメーター設定を選択できます。また、NextFlow や Cromwell などの主要なワークフロー マネージャーと互換性があります。