.
Lei S, Zhao R, Sun J, Ran J, Ruan X, Zhu Y (2020) Partial purifcation and characterization of a broad-
spectrum bacteriocin produced by a Lactobacillus plantarum zrx03 isolated from infant’s feces. Food Sci
Nutr 8(5):2214–2222. https://doi.org/10.1002/fsn3.142
1.1. Classification of LAB Bacteriocins Bacteriocins Produced by Lactic Acid Bacteria A Review Article M.
P. Zacharof ª∗ and R. W. Lovitt
Most of LAB bacteriocins are small (<10 kDa) cationic, heat-stable, amphiphilic and membrane
permeabilizing peptides. They can be divided into three major classes, their classification was constantly
revised throughout the last decade due to the extensive research realized [3, 4].Many of these
bacteriocins appear to exhibit relatively little adsorption specificity. The cell wall of Gram positive (+)
bacteria allows passage of relatively large molecules. The anionic cell surface polymers like teichoic and
lipoteichoic acids, which are part of the cellular wall, are important in the initial interaction of anionic
bacteriocins produced by Gram positive (+) bacteria. The LAB bacteriocins have greater antibacterial
activity at lower pH values (below 5) by means that their adsorption to the cell surface of Gram positive
(+) bacteria including the producing cells is pH dependent. Within any class of bacteriocin there may be
amino acid sequence homologies not only within the mature peptide, but also in the N-terminal leader
region and the associated proteins in bacteriocin secretion and processing [2].
1.1.1. Class I: The Lantibiotics
Class I, the lantibiotics, are a class of peptide substances that contain the characteristic polycyclic
thioether amino acids lanthionine or methyllanthionine, as well as the unsaturated amino acids
dehydroalanine and 2-aminoisobutyric acid. They are further devised into two types based on structural
similarities. Type A comprises of relatively elongated, screw shaped, positively charged, amphipatic,
flexible molecules. Their molecular mass varies between 2 to 4 kDa and they generally act through pore
formation, through membrane depolarization, of the cytoplasmic membrane of the sensitive target
species, nisin and lacticin 3147 are the major representatives of this group. Type B lantibiotics, are
globular in structure and interfere with cellular enzymatic reactions. Their molecular mass, lies between
2 to 3 kDa and either they have no net charge or a net negative charge [6],[7]
Class I LAB bacteriocins are small (<5kDa) heat stable peptides, which are extensively modified after
translation resulting in the formation of characteristic thioether amino acids lanthionine (Lan) and
ȕmethyllanthionine (MeLan). These arise after a two-step process. Firstly gene encoded serine and
threonine can be subject to enzymatic dehydration to give rise to dehydroalanine (Dha) and
dehydrobutyrine (Dhb). Subsequently, thiol groups from neighbouring cysteins attack the double bond
of Dha and Dhb yielding both Lan and MeLan respectively. This condensation between two neighbouring
residues results in the formation of covalently closed rings within the formerly linear peptide conferring
both structure and functionality. Also members of this group contain D-alanine. This latter amino acid
residue is derived from dehydroalanine resulting from the dehydration of a serine residue [3, 4] [2].
1.1.2. Class II: the Non-Lantibiotics
Class II bacteriocins are also small (<10 kDa) relatively heat stable, non-lanthionine containing
membrane active peptides. They are divided into two subclasses. Subclass II a, pediocin-like or listeria
active bacteriocins subclass possesses an N-terminal consensus sequence Tyr-Gly-Asn-Gly-Val-Xaa-Cys.
They show a high degree of homology (40%-60%) when the corresponding amino acid sequences are
aligned and they are synthesized with a leader peptide which is removed by proteolytic processing,
usually after a double glycine residue for example like pediocin PA-1, sakacin A [8]. Subclass II b refers to
two-component (two separate peptides) bacteriocins by means that require two peptides to work
synergistically in order to have an antimicrobial activity. Lactacin F and lactococcin G are members of
this group [9].
Class III: Bacteriocins
This group consists of heat labile proteins which are in general of large molecular weight (>30 kDa). This
group has not been extensively investigated. Bacteriocins representing this group are helveticin I by
Lactobacillus helveticus and enterolysin produced by Enterococcus faecium [10], [20, 21, 22].
Terdapat banyak jenis bakteriosin yang telah berhasil diisolasi dari bakteri asam laktat. Berdasarkan
sekuens asam amino, berat molekul, modifikasi pascatranslasional, dan karakteristik genetik, bakteri
gram positif telah dibagi menjadi tiga kelas.
Kelas I bakteriosin (Lantibiotik) terdiri dari dari peptide dengan berat molekul <5 kDa dengan jumalha
asam amino antara 19 sampai 50. Peptide dari kategori ini stabil terhadap panas dan mengalami
modifikai post translasi yang menyebabkan terbentuknya residu asam amino berupa asam amino
lathionin dan methyllantionin. Bakteriosin pada kelas ini dibagi lagi menjadi 2 sub kelas berdasarkan
kesamaan struktur. Kelas Ia merupakan bakteriosin yang memilki molekul yang realtif memanjang,
berbentuk sekrup, bermuatan positif, amfipatik dimana bagian hydropobiknya dapat berasosiasi dengan
pori pada mebran bakteri ,dan fleksibel. Kelas Ib memilki struktur molekul yang bulat dan tidak fleksibel
serta bermuatan negative atau tidak bermuatan. Peptida pada sub kelas ini mampu menghambat kerja
enzim katalitik yang penting dalam pertahanan hidup bakteri yang rentan.
Kelas II bakteriosin (Non-Lantobiotik) merupakan peptide yang berukuran kecil (<10 kDa) dan bersifat
fleksibel dengan struktur ampipilitik heliks. Peptide kategori ini tidak mengandung residu asam amino
yang termodifikasi serta bersifat tahan terhadap panas juga pH, bermuatan positif. Kelas ini dibagi
menjadi 4 sub kelas berdasarkan struktur dan modofikasi yang dimilikinya. Kelas IIa (Pediocin like) terdiri
dari 35-50 asam amino, mirip pediosin atau listeria aktif subkelas bacteriocins memiliki urutan
konsensus N-terminal Tyr-Gly-Asn-Gly-Val-Xaa-Cys. Kelas IIb terdiri dari 2 peptida berbeda yang saling
melengkapi. Aktivitas antimikroba secara optimal membutuhkan kedua peptide yang terdapat pada sub
kelas ini dalam jumlah yang seimbang. Kelas IIc (sirkular bakteriosin) terdiri memilki 35-70 asam amino.
Peptide sub kelas ini mengandung satu atau dua residu sistein pada struktur molekulnya dan resitant
pada banyak jenis enzim proteolitik. Subkelas ini selanjutnya dibagi menjadi sistibiotik dan tiolbiotik.
Kelas IId (non-pediocin), berupa petida tunggal.
Kelas III bakteriosin
Class III bacteriocins have high molecular weight (>30 kDa) and are thermolabile and unmodified
peptides. They have a bacteriolytic (class IIIa) or nonlytic mechanism of action (class IIIb). These
bacteriocins have been poorly studied [47,48]. Juan Carlos Hernández-González 1 , Abigail Martínez-
Tapia 1 , Gebim Lazcano-Hernández 1 , Blanca Estela García-Pérez 2 and Nayeli Shantal Castrejón-
Jiménez 1,
(Rodney H Perez1 , Takeshi Zendo1 , Kenji Sonomoto1,2)
Based on their amino acid sequences, molecular weights, posttranslational modifications, and genetic
characteristics, Gram-positive bacteriocins have been divided into four classes. Class I bacteriocins (also
known as lantibiotics) are extensively posttranslationally modified and heat stable. They typically contain
less than 28 amino acids (<5 kDa) and are linear or globular peptides containing the modified amino
acids lanthionine and β-methyl lanthionine and dehydrated amino acids [7, 8]. Class II bacteriocins are
not modified and typically contain 30-60 amino acids (<10 kDa). They have the unique properties of
being heat stable, with the absence of nonlanthionine, and are positively charged. This category has
further been divided into five subclasses [9]. Class III bacteriocins (also known as bacteriolysis) are large
(>30 kDa) and heat labile. On exposure to high temperature (100° C), these bacteriocins usually get
inactivated within 30 minutes. The genus Lactobacillus produces Class III bacteriocins such as helveticins
J and V and lactacin B. Complex or Class IV bacteriocins contain a protein with lipid and carbohydrate
molecules, which helpin antimicrobial activity [10].
Berdasarkan sekuens asam amino, berat molekul, modifikasi pascatranslasional, dan karakteristik
genetik, bakteri gram positif telah dibagi menjadi empat kelas. Bakteriosin Kelas I (juga dikenal sebagai
lantibiotik) dimodifikasi secara ekstensif pascatranslasi dan stabil terhadap panas. Mereka biasanya
mengandung kurang dari 28 asam amino (<5 kDa) dan merupakan peptida linier atau globular yang
mengandung asam amino lanthionine termodifikasi dan β-methyl lanthionine dan asam amino dehidrasi
[7, 8]. Bakteriosin Kelas II tidak dimodifikasi dan biasanya mengandung 30-60 asam amino (<10 kDa).
Mereka memiliki sifat unik yaitu stabil terhadap panas, dengan tidak adanya nonlanthionine, dan
bermuatan positif. Kategori ini selanjutnya dibagi menjadi lima subclass [9]. Bakteriosin Kelas III (juga
dikenal sebagai bakteriolisis) berukuran besar (>30 kDa) dan labil terhadap panas. Pada paparan suhu
tinggi (100° C), bakteriosin ini biasanya menjadi tidak aktif dalam waktu 30 menit. Genus Lactobacillus
menghasilkan bakteriosin Kelas III seperti helveticins J dan V dan lactacin B. Bakteriosin Kompleks atau
Kelas IV mengandung protein dengan molekul lipid dan karbohidrat, yang membantu dalam aktivitas
antimikroba [10].
Tabel 1. Pengggolongan Bakteriosin (Juan Carlos Hernández-González 1 , Abigail Martínez-Tapia 1 ,
Gebim Lazcano-Hernández 1 , Blanca Estela García-Pérez 2 and Nayeli Shantal Castrejón-Jiménez 1)
Kelas Bakteriosin Sub Kelas Karakteristik Molekuler
Kelas I Ia Lantipepetida Berukuran kecil ([5 kDa), stabil
Lantibiotik Ib Globular dan bakteriosin terhadap panas, mengalami
infleksible modifikasi post tranlasi,
Ic Sactipeptida resulting in the formation of
atypical amino acids lanthionine
and mathyllanthionine
Kelas II IIa Seperti Pediosin Berukuran kecil ([10 kDa) dan
Non-Lantibiotik IIb 2 peptida fleksibel, struktur amfifilik
IIc Leader less helik, protein pada golongan ini
IId Non pediocin like, peptida tidak memilki residu asam
tunggal amino yang termodifikasi,
resisten pH dan panas
Kelas III IIIa Bakteriolisin Berat molekul [30 kDa,
IIIb Non litik Thermolabil dan peptide yang
tdk mengalami modifikasi
Kelas I, lantibiotik, adalah kelas zat peptida yang mengandung tioeter polisiklik yang khas asam amino
lanthionine atau methyllanthionine, serta asam amino tak jenuh dehydroalanine dan 2- asam
aminoisobutirat. Mereka selanjutnya dirancang menjadi dua jenis berdasarkan kesamaan struktural.
Tipe A terdiri dari molekul yang relatif memanjang, berbentuk sekrup, bermuatan positif, amfipatik, dan
fleksibel. Milik mereka massa molekul bervariasi antara 2 sampai 4 kDa dan umumnya bertindak melalui
pembentukan pori, melalui membrane depolarisasi, membran sitoplasma spesies target yang sensitif,
nisin dan laktatin 3147 adalah wakil utama kelompok ini. Lantibiotik tipe B, berbentuk bulat dan
mengganggu seluler reaksi enzimatik. Massa molekul mereka, terletak antara 2 sampai 3 kDa dan
mereka tidak memiliki muatan bersih atau a muatan negatif bersih [6],[7] Bakteriosin LAB kelas I adalah
peptida stabil panas kecil (<5kDa), yang dimodifikasi secara ekstensif setelah translasi menghasilkan
pembentukan karakteristik asam amino tioeter lanthionine (Lan) dan ȕ methyllanthionine (MeLan). Ini
muncul setelah proses dua langkah. Pertama gen yang dikodekan serin dan treonin dapat mengalami
dehidrasi enzimatik untuk menimbulkan dehydroalanine (Dha) dan dehydrobutyrine (Dhb).Selanjutnya,
kelompok tiol dari sistein tetangga menyerang ikatan rangkap Dha dan Dhb menghasilkan keduanya Lan
dan Melan masing-masing. Kondensasi antara dua residu yang berdekatan ini menghasilkan formasi
cincin tertutup secara kovalen dalam peptida linier sebelumnya yang memberikan struktur dan fungsi.
Juga anggota kelompok ini mengandung D-alanin. Residu asam amino terakhir ini berasal dari
dehydroalanine dihasilkan dari dehidrasi residu serin [3, 4] [2].
Bakteriosin Kelas II juga berukuran kecil (<10 kDa) relatif stabil terhadap panas, membran yang
mengandung non lanthionine peptida aktif. Mereka dibagi menjadi dua subclass. Subkelas II a, mirip
pediosin atau listeria aktif subkelas bacteriocins memiliki urutan konsensus N-terminal Tyr-Gly-Asn-Gly-
Val-Xaa-Cys. Mereka menunjukkan tingkat homologi yang tinggi (40%-60%) ketika urutan asam amino
yang sesuai disejajarkan dan mereka disintesis dengan peptida pemimpin yang dihilangkan dengan
proses proteolitik, biasanya setelah penggandaan residu glisin misalnya seperti pediocin PA-1, sakacin A
[8]. Subkelas II b mengacu pada dua komponen (dua peptida terpisah) bakteriosin dengan cara yang
membutuhkan dua peptida untuk bekerja secara sinergis agar memiliki aktivitas antimikroba. Lactacin F
dan lactococcin G adalah anggota kelompok ini [9].
