Genomic Sequencing in Clinical
Practice: Application, Challenges
and Opportunities
Outlines
1. Genetic Disorders
2. NGS Clinical Application
3. Variant Interpretation
4. Challenges & Opportunities
Human Genom
Mitochondrial genome
• 16,569 bp, 37 genes, 44% (G+C), Heavy
strand (rich in G), Light strand (rich in C) ,
and a small section of the genome (7S
DNA) is triple stranded (due to repetitive
synthesis)
• Human cells vary in number of mt DNA
molecules (typically thousands of
copies/cell)
• Sperms do not contribute mtDNA to the
zygote (strictly maternal)
• During mitosis, mitochondria are passed on
to daughter cells by random assortment.
NUCLEAR VS. MITOCHONDRIAL GENOME
DETECTION OF GENETIC DISORDER
HOW DOES SEQUENCING WORK?
Bioinformatika dan Aplikasi
pada Bidang
Kesehatan/Kedokteran
Central Dogma of Molecular Biology
DNA (blueprint)
Transkripsi
RNA (coding sequences)
Translasi
Protein (fungsional machinery)
Central Dogma - Sel Eukariotik
Phenotype/Morphology
Data Genomik
• Sekuen DNA (DNA sequencing: capillary, NGS)
sampel-1 ATGCTCGTGGCTAGCT…
sampel-2 ATGCTGGTGGCTAACG…
• SNP / Alel variant / SNV (Single Nucleotide Variant) / Indels (DNA
sequencing, genotyping microarray, SNP assay)
Aplikasi genomik
Klinis/diagnostik Penelitian fundamental
• Pemeriksaan mutasi/variant atau • Asosiasi varian/mutasi/gene dengan
marka genotip tertentu trait/klinis tertentu (GWAS – genome-wide
association study)
- Penyakit non-infeksi: Mencari marka tertentu serta metode
susceptibility/predisposisi pemeriksaannya: PCR / PCR-RFLP / realtime
- Penyakit infeksi: PCR (probe) / microarray / Sanger sequencing
/ targeted amplicon sequencing / exome
drug resistance, virulence sequencing / whole genome sequencing
• Pemeriksaan kelainan struktur genom Memahami mekanisme molekuler
(kromosom) • Studi genetika populasi dan evolusi
• Deteksi pathogen • Molecular surveillance
• Pemeriksaan paternitas/maternitas • Mencari metode deteksi patogen
Aplikasi Transkriptomik
Klinis/diagnostik Penelitian fundamental
• Pemeriksaan marka • Asosiasi dan hubungan antar gen terekspresi terkait
gen terekspresi trait/fenotip tertentu
- Pencarian marka serta metode pemeriksaannya
• Pemeriksaan sekuen realtime PCR (probe) / microarray / RNA-seq
mRNA terkait - Memahami mekanisme molekuler pada level
alternate-splicing RNA
• Deteksi patogen • Penentuan struktur gen (ekson/intron) dan variasi
(mis: virus RNA) alternate-splicing
• Mencari metode deteksi untuk patogen berbasis RNA
Aplikasi Proteomik dan Struktur Protein
• Klinis/diagnostic
- Pemeriksaan dengan marka protein tertentu (antigen atau antibodi)
- Pemeriksaan kelainan protein
• Penelitian fundamental
- Prediksi struktur dan simulasi (dinamika molekuler, docking)
=> Mencari obat (agen terapi) baru
=> Melihat efek mutasi atau varian tertentu terkait efek
=> Memahami mekanisme molekuler pada level protein
- Penelitian terkait vaksin
Kapan Menggunakan Bioinformatika?
Teori/Hipotesis >> Sampel >> Data >> Analisa >> Interpretasi
Analisa Bioinformatika
• Structural Bioinformatics
- Terkait struktur protein/molekul
lainnya
- Umumnya terkait produk / industry
(Obat, vaksin, dsb)
- Contoh: prediksi struktur, docking,
molecular dynamics
Analisa Bioinformatika
• *omics Bioinformatics
- Terkait genomics/transcriptomics/proteomics
- Penyakit infeksi
Þ Patogen: AMR/malaria/ dengue/ hepatitis/ MTB/emerging virus/ dll
Þ Host: malaria / MTB / lepra / dll
Þ Terkait epidemiologi, adaptasi patogen, resistensi obat, interaksi hostpathogen &
penelitian vaksin
- Penyakit non-infeksi
ÞStruktur populasi etnis Indonesia
ÞKanker, Stunting, MetS (metabolic syndrome), dsb
- Host microbiome
=> Gut microbiome (terkait lifestyle, stunting), dsb
