微生物群落控制的理论框架

原文：A theoretical framework for controlling complex microbial communities.
目的：提出一种控制微生物群落的理论框架，使得在这个框架下，可以使用生态网络识别其驱动物种的最小集合，并通过对其进行操作以控制整个群落。

模型基础

用$x(t)\in {\mathbb{R}}^N$表示一个微生物群落在$t$时刻的状态，它是一个$N$维向量，第$i$个维度$x_i(t)$表示第$i$个物种的丰度，$i=1,\cdots ,N$。假设它随时间的演化满足微分方程：
$$\dot{x}(t)=f(x(t)),f:{\mathbb{R}}^N\to {\mathbb{R}}^N$$

其中$f$用来对物种固有增长率以及物种之间的交互关系建模。通常$f$是未知的，并且很难通过观察、实验进行推断，但此处假设$f$是亚纯函数，这个假设并不强，而且可以适用于大部分生态模型。常用的$f$的例子如下：

• Generalized Lotka-Volterra (GLV) $$f(x)=\text{diag}(x)(Ax+r)$$ 其中$A$为interaction matrix，$r$是固有增长率向量
• Pairwise Interaction Model $$f_x(x)=q_i(x_i)+\sum _{j=1}^N{a}_{ij}{h}_{ij}(x_i,x_j$$