La sistemática filogenética, la filogeo tos taxonómicos, biogeográficos, eco
grafía y la ecología molecular son dis lógicos y de conservación biológica.
ciplinas encargadas de estudiar los pro La perspectiva integral en la compren
cesos evolutivos de los organismos en sión de la historia evolutiva, los patro
diferentes niveles. En los últimos años nes de distribución geográfica y los
han mostrado un avance notable propi procesos ecológicos de los seres vivos
ciado por las innovaciones tecnológi ha permeado las disciplinas evolutivas,
cas que han permitido disponer de una provocando un fuerte impacto en tér
gran cantidad de información sobre la minos del número de publicaciones, su
variabilidad de los seres vivos en for relevancia e influencia en otras disci
ma de secuencias de adn y la aplica plinas biológicas.
ción de herramientas conocidas como
marcadores moleculares. Aunado a es El componente evolutivo
to, los avances teóricos han permitido
emplear sofisticados algoritmos y he En el estudio de las relaciones filoge
rramientas estadísticas en el estudio de néticas y filogeográficas de los organis
los procesos ecológicos y evolutivos. mos van implícitos los procesos evolu
En particular, la aplicación de las herra tivos, ya que involucran el estudio de
mientas moleculares ha revoluciona las relaciones ancestro-descendiente
do los marcos teóricos y metodológicos y el reconocimiento de las causas his
existentes en las ciencias biológicas, tóricas en la distribución geográfica
dando origen a marcos conceptuales de las especies. La ecología molecular
que han permitido ubicar y responder también tiene un fuerte componente
mas recientes interrogantes. Los nue evolutivo al estudiar los cambios en la
vos enfoques de investigación han sin estructura genética de los organismos
tetizado adecuadamente el surgimiento y los procesos asociados a tales cam
de innovadoras explicaciones a pregun bios.
tas pendientes en evolución y ecología. Los fundamentos de la sistemática
La amplitud y el tipo de problemas filogenética se encuentran en las ide
que se han respondido al combinar los as de Charles Darwin, quien consideró
enfoques de sistemática filogenética, que la evolución es producto de la des
filogeografía y ecología molecular son cendencia con modificación a partir de
múltiples, con aplicaciones en aspec un origen único de la vida, por lo que
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Sistemática filogenética,
filogeografía y
ecología molecular
su importancia para el estudio
actual de la biodiversidad
Cristian Cornejo Latorre y Sergio Ticul Álvarez Castañeda
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estructuras filogeográficas suelen ser
poco definidas por no ser muy diver
gentes. Especies con mucha menor mo
vilidad (tortugas terrestres, serpientes,
salamandras, roedores) suelen tener
una estructura mejor definida; aunque
es importante considerar que gran par
te de la estructura filogeográfica de las
especies puede ser explicada por el ta
maño pequeño de las poblaciones y su
limitado flujo génico, en lugar de una
historia vicariante (proceso que divide
la distribución geográfica de la biota
debido a la formación de una barrera
la historia evolutiva de los organismos En cuestiones geográficas, Darwin física que impide el flujo génico de los
debe reflejar sus patrones de ances tuvo dos grandes contribuciones: reco individuos).
tría y descendencia. El entomólogo Wi noció la intervención de causas histó El origen de la ecología molecular
lli Hennig retomó las ideas de Darwin ricas en la distribución de las especies se encuentra en el trabajo de Edmund
y fundó la sistemática filogenética o es y consideró que mediante las relacio B. Ford de 1964, que marca el inicio de
cuela cladística, una disciplina con más nes de ancestría-descendencia se pue la aplicación de técnicas genéticas para
de cuarenta años de existencia que se den inferir las relaciones de las áreas responder a preguntas ecológicas. Di
ha enriquecido con propuestas teóri geográficas. La filogeografía se enmar cho autor pone especial énfasis en “los
cas y metodológicas a lo largo del tiem ca dentro de la biogeografía histórica ajustes y adaptaciones de las poblacio
po. Su objetivo es inferir la historia evo (el estudio de la dimensión espacial de nes a su ambiente desde una perspec
lutiva de los organismos con base en la evolución biológica), cuya premisa tiva que permita investigar el proceso
evidencias de los mismos (sus carac es que “la Tierra y la biota evolucionan real de la evolución que tiene lugar en
teres). juntas”. Desde este enfoque evolutivo, el momento presente”. Éste fue el pri
El principio de clasificación en cla una propuesta biogeográfica histórica mer intento, con un enfoque evolutivo,
dística se basa en el concepto de homo representa un conjunto de hipótesis de estudiar e interpretar las variacio
logía, que hace referencia a dos estruc que se refieren a la distribución de la nes de la adecuación de los caracteres
turas morfológicamente semejantes y biota y sus interpretaciones históricas. ecológicamente significativos de los
cuya semejanza se debe a que derivan La filogeografía es un campo de in organismos. A partir del desarrollo y
de una estructura ancestral común. En vestigación que surgió a finales de los uso de los marcadores moleculares
cladística, las novedades evolutivas o ochentas, impulsada inicialmente por (los puntos de referencia dentro del ge
los caracteres derivados compartidos, los trabajos del genetista evolutivo John
denominados sinapomorfías, son clave C. Avise, quien acuñó la palabra Phy
para inferir las relaciones evolutivas de logeography y la definió como “el cam
los organismos. Las sinapomorfías per po de estudio de los principios y pro
miten reconocer los grupos monofilé cesos que gobiernan la distribución
ticos (entidades históricas con un ori geográfica de los linajes genealógicos
gen común a todos sus descendientes). a nivel de especie o de especies cerca
Los caracteres primitivos son denomi namente emparentadas”. Los análisis
nados simplesiomorfías y son muy úti filogeográficos evidencian el grado de
les para contrastar hipótesis de carac estructura poblacional de las especies.
teres novedosos (sinapomorfías) contra En aquellas especies con gran capaci
las de caracteres primitivos (simplesio dad de movimiento (cetáceos, peces,
morfías). iguanas marinas y aves rapaces), las
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noma) fue posible describir las varian tajas con respecto de los caracteres Por su parte, los caracteres morfoló
tes genéticas de los organismos y, por morfológicos, como: 1) el enorme ta gicos presentan las siguientes ventajas:
lo tanto, conocer las diferencias y simi maño del conjunto de datos; 2) propor a) se pueden obtener a partir de ejem
litudes genéticas entre individuos. cionan un registro filogenético que plares depositados en colecciones y
La ecología molecular es una disci abarca desde tiempos cercanos al ori museos; y b) se puede realizar el estu
plina que emplea herramientas cono gen de la vida hasta tiempos recientes; dio de especímenes fósiles.
cidas como marcadores moleculares 3) en algunos casos no hay efecto am Para ambos tipos de carácter el ta
para resolver problemas ecológicos y biental en los caracteres (adn mito maño de muestra es variable. Con los
evolutivos, abarcando el estudio de las condrial); 4) la descripción de los esta morfológicos, los taxónomos deben
relaciones genéticas a nivel de indivi dos de caracteres no es subjetiva (esto analizar muestras grandes para delimi
duos, poblaciones y especies. Tiene un es adenina o guanina, no “azul” o “me tar la variación de un carácter dentro
gran auge a partir de la publicación de nos azul”); 5) es relativamente fácil ge de la especie, mientras que las mues
la revista Molecular Ecology en 1992, nerar una matriz de miles de caracte tras de los moleculares son usualmente
cuando el término se hizo más popu res; 6) algunos genes homólogos existen más pequeñas. En general, no se puede
lar, mostrando desde entonces un cre en todos los grupos biológicos; 7) las argumentar cuál de los tipos de datos
cimiento constante en el número de diferentes regiones del genoma tienen es mejor que el otro, ya que el tema se
publicaciones bajo este enfoque, con distintas tasas de evolución; y 8) permi cierne a cómo se eligen y se registra la
mayor diversidad de temáticas y co ten estudiar problemas filogenéticos variación de los caracteres. Ante esto,
nexión con otras disciplinas. a distintos niveles. la mejor opción es incorporar en los
El adn como fuente de información
El primer paso para realizar un estu
dio filogenético es determinar el tipo
de caracteres que se emplearán, es de
cir, datos morfológicos o moleculares.
Teóricamente un carácter molecular
es lo mismo que un carácter morfoló
gico (son atributos heredables de los
organismos). Sin embargo, los caracte
res moleculares presentan algunas ven
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análisis ambos tipos de datos, lo cual velar cada marcador. Asimismo se de se procede a decidir la forma en que se
resulta en mejores inferencias evoluti ben tomar en cuenta las características analizarán los mismos. En general, es
vas que en aquellos que sólo incluyen genéticas y evolutivas de los marcado posible incluir en el estudio el conjunto
un tipo de carácter. res moleculares tales como: la forma de caracteres por separado (congruen
Para determinar las relaciones ge parental de herencia (biparental o ma cia taxonómica) o combinarlos en una
nealógicas en los estudios filogeográ terna), la forma de herencia y expre matriz de caracteres única (evidencia
ficos es indispensable el uso de marca sión (dominante o codominante) y las total), la cual es una tendencia actual
dores genéticos o secuencias de adn tasas de mutación y de divergencia. en los estudios publicados.
que no sean recombinantes. Las pro Para los análisis basados en con
piedades del adn de las mitocondrias Los métodos de análisis gruencia taxonómica se utilizan árbo
que hacen que sea un marcador muy les de consenso que se generan a partir
útil en filogeografía son las siguientes: En sistemática filogenética, una vez de agrupamientos comunes entre las
1) se hereda vía materna; 2) presenta que se ha determinado el tipo de ca topologías mejor sustentadas y obte
una alta tasa de mutación, lo que impli racteres (moleculares o morfológicos) nidas a partir de diferentes matrices
ca sustituciones nucleotídicas; 3) no de datos. El procedimiento consiste en:
presenta recombinación genética; 4) al 1) generar las matrices de datos; 2) ob
ser neutral, la distribución de los haplo tener hipótesis de relación para cada
tipos (conjunto de alelos que provie conjunto de datos (conocidas como ár
nen de un solo cromosoma) está más boles fundamentales); y 3) realizar un
influenciada por los eventos demográ consenso de las topologías obtenidas.
ficos en la historia poblacional que por Por su parte, los análisis basados en evi
la selección natural; y 5) se amplifica dencia total utilizan la congruencia de
de manera relativamente sencilla. caracteres para encontrar la mejor hi
En ecología molecular se emple pótesis filogenética a partir de un con
an marcadores genéticos moleculares junto de sinapomorfías sin separarlas
basados en adn (proteínas, secuencias) en tipos. Si se encuentran proposicio
o en arn. Elegir el tipo de marcador nes igualmente parsimoniosas se usan
molecular más adecuado depende de consensos para resumir dichas alter
la pregunta que se quiere responder nativas, es decir, se busca una hipótesis
en el estudio ecológico. En términos única que explique de mejor forma los
generales, se debe considerar el nivel datos, lo que implica maximizar la con
de variabilidad genética que puede re gruencia de caracteres.
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Cuando se ha decidido la forma en les filogenéticos, mientras que el análi das por medio de un número menor de
la que se analizarán los datos se pro sis bayesiano infiere cuál es la probabi árboles según sus valores de probabili
cede a especificar el algoritmo bajo el lidad de que los árboles filogenéticos dades posteriores. Esto permite que el
cual se inferirán las relaciones filoge sean bien explicados por los datos, es análisis bayesiano demande menos po
néticas. Los métodos más comúnmen decir, la matriz de caracteres. Con el al der computacional y sea más rápido
te utilizados en cladística son: máxima goritmo de máxima verosimilitud se que el de máxima verosimilitud.
parsimonia, máxima verosimilitud y necesita calcular cada árbol posible En cladística, el cladograma (figu
el análisis bayesiano. que puede ser derivado de los datos se ra 1) resultante se interpreta como una
El método de máxima parsimonia gún el modelo de evolución selecciona hipótesis filogenética a partir de la cual,
se basa en un mínimo de suposiciones do. Además, se debe calcular la longi entre otras cosas, se pueden realizar
a priori de los datos. Se asume que cual tud de ramas para cada árbol diferente. propuestas de cambios taxonómicos o
quier carácter heredable es una homo Algunos autores prefieren utilizar el bien la interpretación de la evolución
logía potencial. Por lo tanto, al momen análisis bayesiano sobre la máxima ve de los caracteres.
to de inferir los árboles filogenéticos rosimilitud porque utiliza “atajos” para En filogeografía, los aspectos más
todos los caracteres son tratados de los cálculos mediante un algoritmo co relevantes a considerar en los análi
igual manera, con el “mismo peso” o in nocido como cadenas Markov de Mon sis son: 1) los haplotipos de una sola es
fluencia. Bajo este criterio, el mejor ár te Carlo, con el cual se realizan búsque pecie o especies cercanamente empa
bol filogenético será aquel con la mí
nima cantidad de cambios evolutivos
que se requieran para explicar una de
terminada matriz de caracteres.
Los métodos de máxima verosimi
litud (maximum likelihood) y el análisis
bayesiano son algoritmos estadísticos
que se basan en modelos de evolución
molecular y que toman en cuenta el
conocimiento a priori de los caracteres,
particularmente los moleculares (a sa
ber, secuencias de nucleótidos de adn).
La máxima verosimilitud estima cuál
es la probabilidad de que la matriz de
caracteres sea explicada por los árbo
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divergencia genética; 4) la construc
ción de los filogramas se basa en los
mismos algoritmos de la sistemática
filogenética; y 5) los filogramas se su
perponen a la distribución geográfica
a fin de interpretar el proceso evoluti
vo responsable de la dispersión de la
especie o las especies bajo estudio.
Para evaluar la robustez de las hipó
tesis de asociación entre estructura
geográfica y la historia de las poblacio
nes se utilizan pruebas estadísticas.
Entre las hipótesis filogeográficas se
incluyen aquellas que analizan si la
distribución geográfica de las espe
cies se ha expandido posteriormente
al Pleistoceno (hace 11 000 años) o si
se ha contraído, permaneciendo actual
mente aislada como refugios pleisto
rentadas se pueden interpretar como cénicos. Están aquellas hipótesis que poblaciones (deriva génica, procesos
una unidad terminal; 2) los datos que analizan la dirección prevaleciente del de migración, tamaño efectivo pobla
se analizan son secuencias de genes flujo génico que se da mediante la dis cional), lo que ha permitido diferenciar
que generalmente provienen de algu persión de los organismos en dos o entre las distribuciones geográficas his
na región del adn mitocondrial (a sa más poblaciones separadas geográfi tóricas y las expansiones de una distri
ber, región control, el citocromo A o B); camente y aquellas que examinan la bución previa a una distribución me
3) las relaciones genealógicas entre contribución que han tenido los proce nor. Como tal, se basa en un conjunto de
los haplotipos se representan por me sos históricos en la estructuración de criterios diferentes a los de la biogeo
dio de filogramas, donde las longitu la arquitectura genética de las pobla grafía histórica para aceptar o rechazar
des de las ramas expresan la cantidad ciones. También se han incorporado al las hipótesis históricas.
de cambios evolutivos o el grado de gunos fundamentos de la genética de En filogeografía también es posible
inferir aspectos demográficos de las
poblaciones cuando el tamaño de mu
estra lo permite. Estos análisis demo
taxones
hermanos gráficos se basan en la teoría de la coa
lescencia, misma que proporciona los
métodos para detectar eventos en el pa
taxón 1
taxón 2
taxón 3
taxón 4
taxón 5
taxón 6
sado de las poblaciones, tales como el
puntas de los
nodos terminales incremento exponencial en tamaño.
reciente
nodos Con un tamaño poblacional grande, el
ramas tiempo de coalescencia entre dos se
cuencias de adn (tiempo en que ambas
tiempo
raíz
convergen en la secuencia que les dio
antiguo
origen) es más grande. En cambio, en
poblaciones pequeñas el tiempo de
coalescencia es menor, ya que pueden
Figura 1. Las relaciones genealógicas pueden ser representadas mediante árboles o cladogramas. estar más cercanamente relacionadas.
Se representa la historia de los linajes y cómo estos han cambiado a través del tiempo.
Con base en las distancias génicas en
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tre los individuos y suponiendo cierta
tasa evolutiva se pueden obtener esti
mados provisionales de tiempo abso
luto de coancestría materna a partir de
adn mitocondrial.
Los estimados de tiempo acumu
lados para muchos individuos dan co
mo resultado frecuencias pareadas de
distribuciones de tiempos de coances
tría conocidas como distribuciones mis
match, que se presentan como histogra
mas en donde se muestra el número de
diferencias de sitios nucleotídicos (o
restricción) observados entre pares de
haplotipos. El histograma es multimo
dal en poblaciones con equilibrio de
gicos y evolutivos. Por lo tanto, además a ciertos individuos?, ¿cuántas poblacio
de los marcadores moleculares es ne nes existen?, ¿las poblaciones han ex
cesario tener información de los cam pandido o contraído su distribución geo
bios cuantitativos y cualitativos en la gráfica en el pasado reciente?, ¿difiere
composición genética a nivel temporal el tamaño de las poblaciones en el pa
(a lo largo de las generaciones) o espa sado con respecto del presente?, ¿cuá
cial (entre individuos, poblaciones y es les son las relaciones genéticas de los
pecies). En ecología molecular se consi individuos?, ¿cuáles individuos han mi
dera que las relaciones genéticas entre grado?, ¿cuáles individuos son clones?,
individuos, poblaciones y especies es ¿cuál es la distancia promedio de dis
la faceta que mejor define la naturale persión de los gametos?, ¿cómo influ
mográfico y unimodal en poblaciones za, por lo mismo esto establece la esca yen las características del paisaje en la
con una reciente expansión demográ la de los estudios bajo tal enfoque. En estructura de las poblaciones?
fica. Los datos del histograma se pue tal contexto, se pueden hacer compara
den comparar con el modelo de una ciones entre los padres y su progenie o
población en expansión demográfica. entre individuos de la misma especie
Con una prueba de c2 estadísticamente que se encuentran separados espacial
significativa se acepta que la diferencia mente.
entre ambas poblaciones no es debida Particularmente, por medio del es
al azar y se observa en la estructura de tudio y la aplicación de los marcadores
la gráfica si las poblaciones experimen moleculares se pueden responder di
taron recientemente un crecimiento versas preguntas que consideren la es
exponencial. tructura y diversidad genética y las in
Bajo el enfoque de ecología mole teracciones genéticas de los organismos
cular se puede considerar el estudio de con el medio ambiente; entre éstas se
diversas preguntas o problemas ecoló encuentran: ¿qué población dio origen
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las distribuciones geográficas de las es
pecies, sus relaciones filogenéticas y las
distancias genéticas entre linajes. Los
estudios filogeográficos han logrado
una mejor comprensión de la biogeo
grafía regional y las áreas de endemis
mo. Al comparar los patrones filogeo
gráficos de varios grupos biológicos en
una misma región se puede compren
der la historia regional, lo que se cono
ce como filogeografía comparada. Al
mismo tiempo, entender las respuestas
históricas de las especies a los cambios
ambientales y la evolución de áreas macroevolutivas le confiere una posi
evolutivamente aisladas ha sido muy ción muy destacada en la biogeografía
importante para la conservación. Esto histórica, permitiéndole abordar pre
ha permitido establecer estrategias de guntas que tradicionalmente eran del
manejo por debajo del nivel de espe interés de la ecología y la biología evo
cie con datos moleculares, una política lutiva al explorar los patrones de dis
de conservación conocida como Uni persión y la conectividad genética al
dades evolutivamente significativas. interior de las poblaciones en ámbitos
En el contexto de otras disciplinas, ecológicos actuales o muy recientes.
la filogeografía tiene un papel impor Finalmente, mediante el enfoque
tante al funcionar como un enlace en de la ecología molecular se amalga
tre genética de poblaciones, sistemá man la teoría ecológica y la evolutiva.
Importancia de las disciplinas evolutivas tica filogenética y biogeografía. Este La utilidad de este enfoque radica en la
carácter de unir las disciplinas micro y forma en la que se pueden unir subdis
La importancia de los estudios de sis
temática filogenética radica en los si
guientes aspectos: a) los sistemas de
clasificación filogenéticos son una for
ma de comunicación del conocimien
to de la diversidad biológica; b) éstos
proveen el fundamento teórico para el
estudio comparativo de la diversidad y
su conservación; y c) son el marco his
tórico para interpretar los patrones de
similitudes entre los organismos, sus
interacciones ecológicas y su distribu
ción geográfica. En el mismo sentido,
las filogenias constituyen la base teó
rica para estudios de especiación, eco
logía, biogeografía y más recientemen
te se han incorporado a los métodos de
análisis de la filogeografía.
La filogeografía, por su parte, ha
permitido avanzar en la descripción de
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ciplinas ecológicas muy dispares desde ble que la mayoría de los ecólogos ad
una perspectiva evolutiva y abordar quieran un conocimiento mínimo de
problemas que los actuales programas los métodos moleculares con el fin de
de investigación por sí solos simple que puedan reconocerlos y elegir aque
mente no pueden. llos que podrían aplicar. La utilización
Las soluciones a gran parte de las de herramientas moleculares amplía
preguntas ecológicas actuales requie la gama de problemas ecológicos que
ren un enfoque multidisciplinario que, se pueden abordar, por lo que el futuro
en muchos casos, se puede basar en un para la ecología molecular parece ser
marco molecular. Por lo tanto, es desea prometedor.
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phylogenetic systematics, phylogeography, and molecular ecology. their importance for the contemporary study of biodiversity
Palabras clave. Sistemática, filogenia, filogeografía, ecología molecular, métodos de análisis.
Key words. Systematics, phylogenetics, phylogeography, molecular ecology, methods of analysis.
Resumen. En este artículo se presenta una síntesis general de los principios teóricos, objetivos y métodos de análisis e importancia de la sistemática filogenética, la filo-
geografía y ecología molecular. Éstas son claves para entender la historia evolutiva, los patrones de distribución geográfica y los procesos ecológicos de los seres vivos.
Abstract. In this article we present an overview of the theoretical principles, objectives, and methods of analysis and importance of phylogenetic systematics, phylogeo-
graphy, and molecular ecology. These are key to understanding the evolutionary history, patterns of geographic distribution, and ecological processes of living things.
Cristian Cornejo Latorre es candidato al grado de doctor en ciencias en el programa de Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales del Centro de Investigacio-
nes Biológicas del Noreste, s. c., en La Paz, México. Sus intereses académicos se enfocan en el estudio de la diversidad, ecología, biogeografía y sistemática de mamíferos.
Sergio Ticul Álvarez Castañeda es investigador y curador de la colección de mamíferos del Centro de Investigaciones Biológicas del Noreste, s. c., en La Paz, México.
Estudia aspectos sobre conservación, sistemática, taxonomía y evolución de mamíferos. Es miembro del sni (nivel iii) y es editor de la revista Therya de la Asociación
Mexicana de Mastozoología, a. c.
Recibido el 12 de noviembre de 2012; aceptado el 21 de septiembre de 2015.
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